Hoewel de PICkit 3 redelijk robuust is, kan het een enkele keer voorkomen dat er wat stuk gaat.
Bijvoorbeeld wanneer er een veel te hoge spanning op het target staat. Er kan dan schade ontstaan aan de uitgangen van de PICkit 3.
Onderstaand schema (een deel van het schema uit de PICkit 3 user guide) laat zien hoe de Data en Clock uitgangen opgebouwd zijn.
ICSP-DAT en ICSP-CLK zijn de uitgangs pinnen (4 en 5)










Met behulp van de PICkit 3 Standalone Programmer Tool kun je testen of de uitgangen functioneren.

Selecteer in het scherm linksboven LogicTool en activeer in het scherm rechts de knop “Enable IO”. Nu kun je in de LogicTool de diverse in/uitgangen testen.
Als hier blijkt dat een en ander niet werkt zoals zou moeten, is als eerste U8 of U9 (SN74LVC1T45) (geel) (ICSP-DAT of ICSP-CLK) verdacht, in extreme gevallen zou ook de PTC (oranje) defect kunnen zijn.

In het geval dat Vpp niet werkt is transistor Q6 (geel)(deel schema hieronder) het meest verdacht. Een MMSS8550 doet het hier ook prima.